Das im Kerngebiet „MK 1“ anfallende Niederschlagswasser ist in den Oberhafenkanal und das im Kerngebiet „MK 2“, der Grünfläche und den Flächen zum Schutz, zur Pflege und zur Entwicklung von Boden, Natur und Landschaft anfallende Niederschlagswasser ist in die Norderelbe einzuleiten.